|
|
Study the optimal condition to knockout metallothionein by CRISPR-Cas9 in neuroblastoma
Májková, Klára
Při léčbě neuroblastomu (Nbl), embryonálního nádoru, který nejčastěji postihuje kojence a děti mladší pěti let, se často používají léčebné strategie založené na cisplatině. Bylo však zjištěno, že účinnost těchto strategií je nižší než 50 % v důsledku chemorezistence nádorových buněk. Tato rezistence byla spojena se zvýšenou expresí metalothioneinů (MTs) v buňkách neuroblastomu. Lidský metalothionein 3 (hMT-3), protein exprimovaný především v buňkách centrální nervové soustavy, hraje zásadní roli v detoxikaci kovů a udržování homeostázy během oxidačního stresu. Knock out metalothioneinu 3 pomocí CRISPR/Cas9 by proto mohl buňky opět učinit citlivými na cytotoxická léčiva. Cílem této studie bylo optimalizovat podmínky pro úspěšné vyřazení MT3 z neuroblastomu. Plazmid MT3-CRISPR/Cas9 byl transfekován do neuroblastomu pomocí přípravku Lipofectamine 2000 ve třech různých koncentracích (250 ng/µl, 500 ng/µl a 1000 ng/µl). Optimálních podmínek bylo dosaženo při použití 0,75 µl přípravku Lipofectamine, 1000 ng/µl plazmidu a 0,5 ng/µl puromycinu.
|
|
|
Targeted editing of the Arabidopsis CYP98A3 gene using the CRISPR/Cas9 method
Šamaj, Matej
Lignin je biopolymer, který plní několik důležitých funkcí včetně usnadnění polárního transportu vody a mechanického zpevnění rostlinného těla. Je nezbytný pro správný růst a vývoj rostlin, ale také pro obranné reakce rostlin. Komplexní biosyntéza ligninu zahrnuje aktivitu mnoha enzymů katalyzujících navazující chemické reakce, které postupně vytvářejí různé prekurzory pro syntézu ligninu. Jeden takový enzym biosyntetické dráhy ligninu, P‐KUMAROYL ŠIKIMÁT 3′‐HYDROXYLÁZA (C3′H), je kódován genem CYP98A3/C3′H a přeměňuje p-kumaroyl šikimát na kafeoyl šikimát. Systémy CRISPR/Cas adaptované z bakterií, kde poskytují adaptivní imunitu, se velmi rychle vyvinuly v jedinečný a výkonný nástroj pro přesnou editaci genů. Technologie CRISPR/Cas9 umožňuje specificky zacílit na požadovaná místa v genomech a následně provést velmi přesnou mutagenezi vybraného genu (genů). Cílem této práce bylo pomocí metody CRISPR/Cas9 provést cílenou editaci genu CYP98A3/C3′H v transformovaných rostlinách Arabidopsis thaliana. Vybrané transformované rostliny byly ověřeny, aby se potvrdila přítomnost úpravy genu zprostředkované CRISPR/Cas9. Ověřená předpokládaná mutantní rostlina T2 generace vykazovala změněné fenotypy listů, listových růžic, stonků a květenství doprovázené nižším ukládáním ligninu, jak bylo zjištěno histochemickým barvením bazickým fuchsinem a mikroskopickými pozorováními.
|
|
|
CRISPR/Cas9 gene editing in Drosophila melanogaster
KALTENBÖCK, Konstantin
The aim of this thesis was to predict functional sites in the timeless gene of Drosophila melanogaster, to design fitting gRNAs for the identified sites to create transformation vectors for fly transformations and to induce CRISPR/Cas9 mediated target mutations by crossing gRNA expressing flies with Cas9 expressing flies.
|
|
|
Optimization of CRISPR/Cas9 technique for the Ixodes ticks genome editing
KITZBERGER, Daniel
CRISPR/Cas9 technique was used for genome editing of several arthropod species, but it has not yet been used on Ixodes spp. tick species. Therefore, in my work, I performed a bioinformatic analysis of the I. ricinus transcriptome and I. scapularis genome to reveal the sequence of the target gene for the CRISPR/Cas9-mediated knock-out. We prepared single guide RNA and mixed it with the Cas9 endonuclease to produce the Ribonucleoprotein complex and cleave the target sequence of the I. ricinus gene beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase.
|
|
|
CRISPR/Cas9 Genome editing in Pyrrhocoris apterus
BERTOLUTTI, Maly
The CRISPR/Cas9 technology is a cutting edge method to genetically modify specific targets in the genome, which allows to create mutants in non-model organisms. The aim of this project was to genetically modify the Pyrrhocoris apterus genomic sequence of the cryptochrome2 gene using the CRISPR/Cas9 technology. Specifically, this project aimed to create a mutant with removed or modified C-terminal part of the CRY2 protein, which should later allow for studying the role of this sequence in CRY2 function.
|
|
|
Functional analysis of circadian clock gene timeless in temperature compensation mechanism
SINGH, Samarjeet
This thesis is focussed on investigating the role of the circadian clock gene timeless in the temperature compensation mechanism in Drosophila melanogaster. To conduct the studies presented in this thesis advanced gene editing technique, CRISPR/Cas9, was used to target timeless and to create a variety of mutations. Application of various reverse genetics tools and behavioural methods described here contributed to the elucidation of timeless role in temperature compensation of the circadian clock.
|
|
|
Česká veřejnost o metodě CRISPR/Cas9 – Potraviny 2021
Hanzlová, Radka
Naprostá většina (84 %) české veřejnosti o metodě CRISPR/Cas9 dosud nikdy neslyšela. Nadpoloviční většina (60 %) české veřejnosti souhlasí s tím, aby metoda CRISPR/Cas9 mohla být použita k léčebným účelům, naopak nejméně souhlasně česká veřejnost přijímá možnost použití této metody pro zvýšení výkonnosti sportovců (66 % s tím nesouhlasí). V případě léčby dědičných onemocnění by dotázaní nejčastěji (37 %) souhlasili s použitím metody CRISPR/Cas9 pouze v lékařsky odůvodněných případech a za předpokladu, že by nesměla být pozměněná dědičná informace pacienta přenášena na jeho potomky.
|
|
|
Využití metod genetického inženýrství při šlechtění plodin na rezistenci vůči patogenům
Baránková, Simona
Tematikou této práce je využití metod genetického inženýrství ve vztahu ke šlechtění rostlin na rezistenci vůči patogenům. Rezistence je komplexní znak, kte-rý je založen na mnoha podmínkách jak v organismu, tak v prostředí. V této práci se rozebírají principy fungování těchto mechanismů a jejich využití při vytváření plodin s požadovaným znakem rezistence. Je zde uvedeno několik přístupů a odka-zů na odborné výzkumy, které se touto problematikou zabývají. Dále jsou zde po-psány relevantní metody genetického inženýrství, pomocí kterých se genom plodin edituje. Strategie ke šlechtění rostlin na rezistenci vůči patogenům jsou důležitým odvětvím výzkumu, které v době zvyšování lidských potřeb potravin nabývá na významu.
|
|
|
Genová terapie, její principy, mechanizmy a typy vektorů
Dobešová, Lucie
V začátečních kapitolách se práce věnuje obecným informacím o genové terapii a její historii. V navazujících kapitolách jsou uvedeny informace o jejích principech (jak klasických, tak o genové terapii ve spojení s CRISPR/Cas9) a vektorech, pomocí nichž je možné proces genové terapie uskutečnit. V závěrečných kapitolách se práce zabývá modelovými organismy, které jsou využívány pro klinické testy, využitím genové terapie u lidských pacientů a etickými a bezpečnostními okolnostmi spojenými s jejím použitím.
|
|
|
Epigenetické mechanismy vs. RNA řízená editace genů v jednobuněčných zelených mikrořasách =: Epigenetic mechanisms vs. RNA directed gene editing in unicellular green microalgae /
Bačová, Romana
První část práce je věnována studiu epigenetické regulace genů v zelených jednobuněčných řasách. Popisuje vliv prostředí na metylaci DNA, modifikace histonů, strukturu chromatinu i RNA interference a dotýká se i jejich vlivu na metabolom. Blíže se zaměřuje na metylace DNA – interakce s vnějším prostředím, reakce na stres. Konkrétně byl studován vliv demetylačního činidla 5-azacytidnu a CdCl2 na množství 5-mC a metabolitů methioninového cyklu v Chlamydomonas reinhardtii a Scenedesmus quadricauda v souvislosti s produkcí sekundárních metabolitů. Druhá část práce je zaměřena na genetické inženýrství. Konkrétně byla použita metoda CRISPR/Cas9, jakožto RNA-řízená editace genů u modelového organismu C. reinhardtii. Byla provedena optimalizace na chloroplastovém genu cpFTSY, projevující se změnou fenotypu u mutovaných kolonií. Dále byl CRISPR/Cas9 použit pro editaci adiposupresorového genu WDTC1. U obou genů jsme získali mutanty, jejichž DNA byla opravena pomocí NHEJ i HDR. Pomocí NileRed analýzy byl u dvou ?WDTC1 kolonií prokázán zvýšený obsah TAG. Epigenetické mechanismy je třeba dále studovat pro pochopení adaptace mikrořas na stres a okolní prostředí, což nám dodává cenné informace pro poznání nových transkripčních faktorů či lepší pochopení metabolických drah. Tyto informace se dají využít pro řízenou editaci genů, vedoucí ke zvýšenému množství biologicky aktivních látek mikrořas, a to bez omezení nárůstu biomasy.
|
host ::
RSS.